|
|
|
Autor |
Wiadomość |
Sroczyński_Włodzimierz |
|
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"
Wysłany: 19-04-2019 - 11:57
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 31603
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
Zaczątek informacji o pojęciu Genetic Distance wg FT DNA , przełożeniu na prawdopodobieństwo wspólnego przodka, zależnościach pomiędzy "G.D.", typem (zakresem) testu a wynikiem, czy dany G.D. zawsze przełoży się na to samo prawdopodobieństwo/to samo zdarzenie z określonym prawdopodobieństwem
A jak to "twardodowodowa" genetyka sądowa widzi?
"Genetic Distance" używane jest w Family Tree DNA jako suma różnic na STRach pomiędzy dwiema próbkami - nie mówi bezpośrednio nic o związku krwi osób, których próbki porównujemy.
Dystans 0 - Exact Match - oznacza brak różnic na którymkolwiek z markerów - pełną zgodność. Sytuacja, że była różnica w którymś pokoleniu, a kolejna mutacja ją zniwelowała, powróciło do starszej wersji jest bardzo mało prawdopodobna i na ogół przypadek taki w ogóle nie jest badany (nawet przy sądowych analizach eksperckich)
GD 1 oznacza jedną różnicę w którymś z przebadanych markerów. Uwaga istotna - markery różnią się tempem i przewidywalnością (tj wartością oczekiwaną i odchyleniem standardowym) zmian. Mutują z różną "szybkością" i różnym "rozproszeniem dookoła średniej". Jak bardzo?
Na tyle, by wynik był wyraźne różny. Pod "-1" "1 mismatch" "GD 1" może znaleźć się wynik, który przełoży się na "wspólny przodek z 95% (99,5%) prawdopodobieństwem w 13(22) jak i 22(28?). To (13. a 22. pokolenie) kolosalna różnica (a mogą być i większe). Nie każda różnica oznacza to samo, jest inna i inny wpływ ma na wnioski.
GD 2, 3, 4 (więcej niż 4 pomijamy jako nieistotne*) oznaczać dwie różnice, trzy różnice, cztery różnice etc. Uwaga istotna: nie mówi gdzie te różnice są, możliwa jest sytuacja, gdy np jeden z markerów "zmienił się dwukrotnie", a będzie odnotowane to jako jedna różnica (choć faktycznie były dwie mutacje)
Exact Match - Distance 0 - pełna zbieżność, a prawdopodobieństwo wspólnego przodka
do rozwinięcia na podstawie tego co pojawi się w części dyskusyjnej
* do wyjaśnienia, uzgodnienia, dopisania dlaczego |
_________________ Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
Ostatnio zmieniony przez Sroczyński_Włodzimierz dnia 19-04-2019 - 15:42, w całości zmieniany 4 razy
|
|
|
|
|
|
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"
Wysłany: 19-04-2019 - 13:16
|
|
Dołączył: 27-10-2009
Posty: 180
Skąd: Warszawa
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"
Wysłany: 19-04-2019 - 14:02
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 31603
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
Na początek techniczna uwaga.
Dyskusja będzie poniżej pierwszego postu, który w miarę wyjaśnień, uzgadniania etc będzie modyfikowany.
Pytania, problemy zgłoszone - gdy doczekają się odpowiedzi w satysfakcjonującej, bezpośredniej formie, a będą miały ogólniejszy charakter - będą, wraz z odpowiedziami, pojawiały się w pierwszym poście.
Exact Match - Distance 0 - pełna zbieżność, a prawdopodobieństwo wspólnego przodka
Moim zdaniem, dla potrzeb genealogii, niezależnie czy badamy dwie lub więcej próbek "własnych" (takich o których coś wiemy), czy jedną "swoją" porównujemy z wynikami już dostępnymi (o których wiemy niewiele)
powinniśmy skupić się na prawdopodobieństwach minimum 95%, ze szczególnym uwzględnieniem szans 99,5% i więcej. Ortodoksyjnie to te 95% to mało i jest mocnym poszerzeniem 99,5%.
99,5%: oznacza, że jeśli mamy 1000 wyników , które na 99,5% odpowiadają hipotezie (to raczej trudne, przykład hipotetyczny) to i tak 5 z nich będzie fałszywie dodatnie (nawet przy takim poziomie ufności wśród tysiąca pięć będzie niespokrewnionych w stopniu wykazanym mimo wyników)
jedna na dwieście..dużo? jakiś margines błędu trzeba zostawić , jeśli chcielibyśmy mieć większą pewność (np co do ilości pokoleń),to musielibyśmy bardzo zwiększyć zakres rozwiązań - tj (przykład ilustracyjny) z 99,5% (co przekłada się na "dla tych dwóch próbek do 20 pokoleń gdzieś wspólny przodek jest") na 99,9% mamy rozwiązania "do 50 pokoleń" co już mało genealogicznie brzmi
95% - wydaje się blisko 99,5%, ale to jednak znaczna odległość w statystyce. Na pewno warto i tę grupę badać (lub dopuścić węższy zbiór rozwiązań) ale, moim zdaniem, "w drugim podejściu". Taka zmiana (obniżenie pewności wyniku) przekłada się często np na "nie do 22 pokoleń, a do 13" - wydaje się, że "małe" na wejściu, a na wyjściu przepaść.
Jak to wygląda dla 95%, jak dla 99,5% dokładnego dopasowania dla 12, 25, 35, 67?*
ile "pokoleń temu" dwie osoby, których próbki porównujemy miały wspólnego męskiego przodka?
Y12 95%(99,5%); Y25 95%(99,5%); Y37 95%(99,5%); Y67 95%(99,5%);Y111 95% (99,5%)
>28?(>40?);12-14?(22-23?);8?(11?);7?(10?); 5?(7?)
i czy dla każdej próbki (dla każdej haplogrupy, dla każdego okresu, środowiska, miejsca etc) będzie tak samo?***
a jeśli nie ma dowodów, że będzie tak samo, to może łagodniej - są mocne przesłanki, że możemy to zrównać lub przynajmniej zrównać przy "podobnym" podzbiorze ? a może różnice na potrzeby genealogii są pomijalne? (np czy "robi nam" że być może potrzeba było 14,58 pokolenia nie 14,22 na daną mutację w danej haplogrupie?
* i tu przydałaby się tabelka pokazująca dokładne dane:) tzn moim zdaniem byłaby potrzebna, albo dwie jedna dla 95%, druga dla 99,5%, szkielet powyżej jest, można dopełniać danymi z obserwacji lub wyliczeń z któregos modelu
** i co to dokładnie znaczy, jeśli jedna próbka jest od osoby urodzonej w 1895, a druga w 2015? tzn gdy możemy zasadnie podejrzewać zdecydowaną różnice w odległościach liczonych generacjami pomiędzy wspólnym przodkiem, a osobą której próbkę badamy
*** ? "tak samo" tzn różnica będzie faktycznie pomijalna |
_________________ Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
|
|
|
|
Wojtek_W |
|
Temat postu: Y-DNA
Wysłany: 14-12-2019 - 21:36
|
|
Dołączył: 01-07-2014
Posty: 115
Status: Offline
|
|
Na ydna12 mam 5 dopasowań, a na ydna25 żadnego, zastanawiam się czy jest sens robić upgrade na 37?
Wojciech W. |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
Temat postu: Y-DNA
Wysłany: 14-12-2019 - 22:33
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 31603
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
ze względu m.in. na SNP jest sens do bigY (teraz 700 nie 500 STR i 200 000 SNP) ale ..bez raw data??
https://dna-explained.com/category/big-y/
Q&A
Q – If I have tested at a lower level of STR markers and have no matches, will I have matches at a higher level?
A – Sometimes, but not usually. If your mutations just happen to fall in the lower panels, you may have matches on higher panels that allow for more mutations. If you do have matches on a higher test in this circumstance, the person may or may not have your surname. You can also join haplogroup and surname projects where thresholds are slightly lower for matching within projects.
If you don’t test, you’ll never know.
Q – If I have no matches on STR markers, meaning 12, 25, 37, 67 or 111, will upgrading to the Big Y be beneficial?
A – Possibly to probably – and here’s why, even if you don’t initially have matches:
The Big Y-700 provides multiple tools including matches at the SNP level, not just the STR level, so you are matched in two entirely different ways.
You may have same-surname matches at the SNP level that you do not have at the STR level which are further back in time, but still valuable and relevant to your family history.
You may have SNP matches that aren’t STR matches that are not your surname, but reflect your family history before the advent of surnames. These matches can tell you where your family came from before you can locate them in records. In fact, this is the ONLY way you can track your family before the advent of surnames.
Even if you don’t have matches, you’ll receive all of your SNP markers that allow you to view your results on the Block Tree, which is in essence a migration map back through time. You can read about the Block Tree here.
Your test contributes to building the phylotree – meaning the Y DNA tree of man – which benefits all genealogists. In just the first 10 months of 2019, 32,000 new SNPs have been placed on the tree, resulting in about 5,000 new individual branches. All because of Big Y-700
New people test every day and your DNA tests fish for you every minute of every day.
ale to wyjątkowo - Wojciechu, staraj się bardziej pisać w tematach związanych bo dystans od tematu dystansu zbyt duży, by odpowiedzieć standardowo |
_________________ Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|