Serwis Polskiego Towarzystwa Genealogicznego

flag-pol flag-eng home login logout Forum Fotoalbum Geneszukacz Parafie Geneteka Metryki Deklaracja Legiony Straty
wtorek, 25 lutego 2020

longpixel


Napisz nowy temat   Odpowiedz do tematu
Zobacz poprzedni temat Wersja gotowa do druku Zaloguj się, by sprawdzić wiadomości Zobacz następny temat
Autor Wiadomość
Sroczyński_WłodzimierzOffline
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"  PostWysłany: 19-04-2019 - 11:57
Zasłużony
Członek PTG


Dołączył: 09-10-2008
Posty: 19731
Skąd: Warszawa
Status: Offline
Zaczątek informacji o pojęciu Genetic Distance wg FT DNA , przełożeniu na prawdopodobieństwo wspólnego przodka, zależnościach pomiędzy "G.D.", typem (zakresem) testu a wynikiem, czy dany G.D. zawsze przełoży się na to samo prawdopodobieństwo/to samo zdarzenie z określonym prawdopodobieństwem
A jak to "twardodowodowa" genetyka sądowa widzi?

"Genetic Distance" używane jest w Family Tree DNA jako suma różnic na STRach pomiędzy dwiema próbkami - nie mówi bezpośrednio nic o związku krwi osób, których próbki porównujemy.

Dystans 0 - Exact Match - oznacza brak różnic na którymkolwiek z markerów - pełną zgodność. Sytuacja, że była różnica w którymś pokoleniu, a kolejna mutacja ją zniwelowała, powróciło do starszej wersji jest bardzo mało prawdopodobna i na ogół przypadek taki w ogóle nie jest badany (nawet przy sądowych analizach eksperckich)

GD 1 oznacza jedną różnicę w którymś z przebadanych markerów. Uwaga istotna - markery różnią się tempem i przewidywalnością (tj wartością oczekiwaną i odchyleniem standardowym) zmian. Mutują z różną "szybkością" i różnym "rozproszeniem dookoła średniej". Jak bardzo?
Na tyle, by wynik był wyraźne różny. Pod "-1" "1 mismatch" "GD 1" może znaleźć się wynik, który przełoży się na "wspólny przodek z 95% (99,5%) prawdopodobieństwem w 13(22) jak i 22(28?). To (13. a 22. pokolenie) kolosalna różnica (a mogą być i większe). Nie każda różnica oznacza to samo, jest inna i inny wpływ ma na wnioski.

GD 2, 3, 4 (więcej niż 4 pomijamy jako nieistotne*) oznaczać dwie różnice, trzy różnice, cztery różnice etc. Uwaga istotna: nie mówi gdzie te różnice są, możliwa jest sytuacja, gdy np jeden z markerów "zmienił się dwukrotnie", a będzie odnotowane to jako jedna różnica (choć faktycznie były dwie mutacje)


Exact Match - Distance 0 - pełna zbieżność, a prawdopodobieństwo wspólnego przodka

do rozwinięcia na podstawie tego co pojawi się w części dyskusyjnej



* do wyjaśnienia, uzgodnienia, dopisania dlaczego

_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
http://genealodzy.pl/index.php?module=M ... 3odzimierz


Ostatnio zmieniony przez Sroczyński_Włodzimierz dnia 19-04-2019 - 15:42, w całości zmieniany 4 razy
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
michalmilewski
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"  PostWysłany: 19-04-2019 - 13:16
Sympatyk


Dołączył: 27-10-2009
Posty: 146
Skąd: Warszawa
Użyteczne linki:
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... -distance/
https://www.familytreedna.com/learn/dna-basics/ydna/ (zwłaszcza pierwsza z dwóch tabelek)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 12 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 25 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 37 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 67 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 111 markerów STR)

Czasami oprócz samej wartości GD warto też przyjrzeć się, jakich konkretnych markerów dotyczą znalezione różnice, ale taka analiza jest już specyficzna dla danej haplogrupy czy subkladu, i w związku z tym bardziej skomplikowana, tzn. na ogół trudna do wykonania dla przeciętnego klienta firmy FTDNA (bo wymaga znajomości haplotypów STR specyficznych dla poszczególnych subkladów w danej haplogrupie). Zalecana jest więc konsultacja z administratorami odpowiedniego projektu haplogrupowego.

Niekiedy problemem jest występowanie licznych różnic będących wynikiem zaledwie pojedynczej mutacji, tak więc np. zamiast GD=1 otrzymujemy "zawyżoną" wartość GD=3 (lub nawet wyższą). Na ogół dotyczy to pojawiania się pewnych nietypowych (najczęściej homozygotycznych) wyników dla kilku markerów wielokopijnych jednocześnie, najczęściej dla DYS459, DYS464 i CDY. Tak jak w powyższym przypadku, warto taki wynik zawsze skonsultować z jakimś doświadczonym administratorem odpowiedniego projektu.

Pozdrawiam,
Michał
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
Sroczyński_WłodzimierzOffline
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"  PostWysłany: 19-04-2019 - 14:02
Zasłużony
Członek PTG


Dołączył: 09-10-2008
Posty: 19731
Skąd: Warszawa
Status: Offline
Na początek techniczna uwaga.
Dyskusja będzie poniżej pierwszego postu, który w miarę wyjaśnień, uzgadniania etc będzie modyfikowany.
Pytania, problemy zgłoszone - gdy doczekają się odpowiedzi w satysfakcjonującej, bezpośredniej formie, a będą miały ogólniejszy charakter - będą, wraz z odpowiedziami, pojawiały się w pierwszym poście.

Exact Match - Distance 0 - pełna zbieżność, a prawdopodobieństwo wspólnego przodka

Moim zdaniem, dla potrzeb genealogii, niezależnie czy badamy dwie lub więcej próbek "własnych" (takich o których coś wiemy), czy jedną "swoją" porównujemy z wynikami już dostępnymi (o których wiemy niewiele)
powinniśmy skupić się na prawdopodobieństwach minimum 95%, ze szczególnym uwzględnieniem szans 99,5% i więcej. Ortodoksyjnie to te 95% to mało i jest mocnym poszerzeniem 99,5%.

99,5%: oznacza, że jeśli mamy 1000 wyników , które na 99,5% odpowiadają hipotezie (to raczej trudne, przykład hipotetyczny) to i tak 5 z nich będzie fałszywie dodatnie (nawet przy takim poziomie ufności wśród tysiąca pięć będzie niespokrewnionych w stopniu wykazanym mimo wyników)
jedna na dwieście..dużo? jakiś margines błędu trzeba zostawić , jeśli chcielibyśmy mieć większą pewność (np co do ilości pokoleń),to musielibyśmy bardzo zwiększyć zakres rozwiązań - tj (przykład ilustracyjny) z 99,5% (co przekłada się na "dla tych dwóch próbek do 20 pokoleń gdzieś wspólny przodek jest") na 99,9% mamy rozwiązania "do 50 pokoleń" co już mało genealogicznie brzmi

95% - wydaje się blisko 99,5%, ale to jednak znaczna odległość w statystyce. Na pewno warto i tę grupę badać (lub dopuścić węższy zbiór rozwiązań) ale, moim zdaniem, "w drugim podejściu". Taka zmiana (obniżenie pewności wyniku) przekłada się często np na "nie do 22 pokoleń, a do 13" - wydaje się, że "małe" na wejściu, a na wyjściu przepaść.

Jak to wygląda dla 95%, jak dla 99,5% dokładnego dopasowania dla 12, 25, 35, 67?*
ile "pokoleń temu" dwie osoby, których próbki porównujemy miały wspólnego męskiego przodka?

Y12 95%(99,5%); Y25 95%(99,5%); Y37 95%(99,5%); Y67 95%(99,5%);Y111 95% (99,5%)
>28?(>40?);12-14?(22-23?);8?(11?);7?(10?); 5?(7?)



i czy dla każdej próbki (dla każdej haplogrupy, dla każdego okresu, środowiska, miejsca etc) będzie tak samo?***
a jeśli nie ma dowodów, że będzie tak samo, to może łagodniej - są mocne przesłanki, że możemy to zrównać lub przynajmniej zrównać przy "podobnym" podzbiorze ? a może różnice na potrzeby genealogii są pomijalne? (np czy "robi nam" że być może potrzeba było 14,58 pokolenia nie 14,22 na daną mutację w danej haplogrupie?


* i tu przydałaby się tabelka pokazująca dokładne dane:) tzn moim zdaniem byłaby potrzebna, albo dwie jedna dla 95%, druga dla 99,5%, szkielet powyżej jest, można dopełniać danymi z obserwacji lub wyliczeń z któregos modelu
** i co to dokładnie znaczy, jeśli jedna próbka jest od osoby urodzonej w 1895, a druga w 2015? tzn gdy możemy zasadnie podejrzewać zdecydowaną różnice w odległościach liczonych generacjami pomiędzy wspólnym przodkiem, a osobą której próbkę badamy

*** ? "tak samo" tzn różnica będzie faktycznie pomijalna

_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
http://genealodzy.pl/index.php?module=M ... 3odzimierz
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
Wojtek_WOffline
Temat postu: Y-DNA  PostWysłany: 14-12-2019 - 21:36
Sympatyk


Dołączył: 01-07-2014
Posty: 37

Status: Offline
Na ydna12 mam 5 dopasowań, a na ydna25 żadnego, zastanawiam się czy jest sens robić upgrade na 37?


Wojciech W.
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
Sroczyński_WłodzimierzOffline
Temat postu: Y-DNA  PostWysłany: 14-12-2019 - 22:33
Zasłużony
Członek PTG


Dołączył: 09-10-2008
Posty: 19731
Skąd: Warszawa
Status: Offline
ze względu m.in. na SNP jest sens do bigY (teraz 700 nie 500 STR i 200 000 SNP) ale ..bez raw data??
https://dna-explained.com/category/big-y/

Q&A

Q – If I have tested at a lower level of STR markers and have no matches, will I have matches at a higher level?

A – Sometimes, but not usually. If your mutations just happen to fall in the lower panels, you may have matches on higher panels that allow for more mutations. If you do have matches on a higher test in this circumstance, the person may or may not have your surname. You can also join haplogroup and surname projects where thresholds are slightly lower for matching within projects.

If you don’t test, you’ll never know.



Q – If I have no matches on STR markers, meaning 12, 25, 37, 67 or 111, will upgrading to the Big Y be beneficial?

A – Possibly to probably – and here’s why, even if you don’t initially have matches:

The Big Y-700 provides multiple tools including matches at the SNP level, not just the STR level, so you are matched in two entirely different ways.
You may have same-surname matches at the SNP level that you do not have at the STR level which are further back in time, but still valuable and relevant to your family history.
You may have SNP matches that aren’t STR matches that are not your surname, but reflect your family history before the advent of surnames. These matches can tell you where your family came from before you can locate them in records. In fact, this is the ONLY way you can track your family before the advent of surnames.
Even if you don’t have matches, you’ll receive all of your SNP markers that allow you to view your results on the Block Tree, which is in essence a migration map back through time. You can read about the Block Tree here.
Your test contributes to building the phylotree – meaning the Y DNA tree of man – which benefits all genealogists. In just the first 10 months of 2019, 32,000 new SNPs have been placed on the tree, resulting in about 5,000 new individual branches. All because of Big Y-700
New people test every day and your DNA tests fish for you every minute of every day.

ale to wyjątkowo - Wojciechu, staraj się bardziej pisać w tematach związanych bo dystans od tematu dystansu zbyt duży, by odpowiedzieć standardowo

_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
http://genealodzy.pl/index.php?module=M ... 3odzimierz
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
Wyświetl posty z ostatnich:     
Skocz do:  
Wszystkie czasy w strefie CET (Europa)
Napisz nowy temat   Odpowiedz do tematu
Zobacz poprzedni temat Wersja gotowa do druku Zaloguj się, by sprawdzić wiadomości Zobacz następny temat
Powered by PNphpBB2 © 2003-2006 The PNphpBB Group
Credits
donate.jpg
Serwis Polskiego Towarzystwa Genealogicznego zawiera forum genealogiczne i bazy danych przydatne dla genealogów © 2006-2019 Polskie Towarzystwo Genealogiczne
kontakt:
Strona wygenerowana w czasie 0.082623 sekund(y)