Genealodzy.PL Podziel się na Facebooku

Genealodzy.PL

Użytkownik: Rejestracja
Hasło: Pamiętaj

Serwis Polskiego Towarzystwa Genealogicznego

flag-pol flag-eng home login logout Forum Fotoalbum Geneszukacz Parafie Geneteka Metryki Deklaracja Legiony Straty 03:32 niedziela, 26 maja 2019

longpixel


Napisz nowy temat   Odpowiedz do tematu
Zobacz poprzedni temat Wersja gotowa do druku Zaloguj się, by sprawdzić wiadomości Zobacz następny temat
Autor Wiadomość
Sroczyński_WłodzimierzOffline
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"  PostWysłany: 19-04-2019 - 11:57
Zasłużony
Członek PTG


Dołączył: 09-10-2008
Posty: 18060
Skąd: Warszawa
Status: Offline
Zaczątek informacji o pojęciu Genetic Distance wg FT DNA , przełożeniu na prawdopodobieństwo wspólnego przodka, zależnościach pomiędzy "G.D.", typem (zakresem) testu a wynikiem, czy dany G.D. zawsze przełoży się na to samo prawdopodobieństwo/to samo zdarzenie z określonym prawdopodobieństwem
A jak to "twardodowodowa" genetyka sądowa widzi?

"Genetic Distance" używane jest w Family Tree DNA jako suma różnic na STRach pomiędzy dwiema próbkami - nie mówi bezpośrednio nic o związku krwi osób, których próbki porównujemy.

Dystans 0 - Exact Match - oznacza brak różnic na którymkolwiek z markerów - pełną zgodność. Sytuacja, że była różnica w którymś pokoleniu, a kolejna mutacja ją zniwelowała, powróciło do starszej wersji jest bardzo mało prawdopodobna i na ogół przypadek taki w ogóle nie jest badany (nawet przy sądowych analizach eksperckich)

GD 1 oznacza jedną różnicę w którymś z przebadanych markerów. Uwaga istotna - markery różnią się tempem i przewidywalnością (tj wartością oczekiwaną i odchyleniem standardowym) zmian. Mutują z różną "szybkością" i różnym "rozproszeniem dookoła średniej". Jak bardzo?
Na tyle, by wynik był wyraźne różny. Pod "-1" "1 mismatch" "GD 1" może znaleźć się wynik, który przełoży się na "wspólny przodek z 95% (99,5%) prawdopodobieństwem w 13(22) jak i 22(28?). To (13. a 22. pokolenie) kolosalna różnica (a mogą być i większe). Nie każda różnica oznacza to samo, jest inna i inny wpływ ma na wnioski.

GD 2, 3, 4 (więcej niż 4 pomijamy jako nieistotne*) oznaczać dwie różnice, trzy różnice, cztery różnice etc. Uwaga istotna: nie mówi gdzie te różnice są, możliwa jest sytuacja, gdy np jeden z markerów "zmienił się dwukrotnie", a będzie odnotowane to jako jedna różnica (choć faktycznie były dwie mutacje)


Exact Match - Distance 0 - pełna zbieżność, a prawdopodobieństwo wspólnego przodka

do rozwinięcia na podstawie tego co pojawi się w części dyskusyjnej



* do wyjaśnienia, uzgodnienia, dopisania dlaczego

_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
http://genealodzy.pl/index.php?module=M ... 3odzimierz


Ostatnio zmieniony przez Sroczyński_Włodzimierz dnia 19-04-2019 - 15:42, w całości zmieniany 4 razy
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
michalmilewskiOffline
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"  PostWysłany: 19-04-2019 - 13:16
Sympatyk


Dołączył: 27-10-2009
Posty: 127
Skąd: Warszawa
Status: Offline
Użyteczne linki:
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... -distance/
https://www.familytreedna.com/learn/dna-basics/ydna/ (zwłaszcza pierwsza z dwóch tabelek)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 12 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 25 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 37 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 67 markerów STR)
https://www.familytreedna.com/learn/y-d ... terpreted/ (dla 111 markerów STR)

Czasami oprócz samej wartości GD warto też przyjrzeć się, jakich konkretnych markerów dotyczą znalezione różnice, ale taka analiza jest już specyficzna dla danej haplogrupy czy subkladu, i w związku z tym bardziej skomplikowana, tzn. na ogół trudna do wykonania dla przeciętnego klienta firmy FTDNA (bo wymaga znajomości haplotypów STR specyficznych dla poszczególnych subkladów w danej haplogrupie). Zalecana jest więc konsultacja z administratorami odpowiedniego projektu haplogrupowego.

Niekiedy problemem jest występowanie licznych różnic będących wynikiem zaledwie pojedynczej mutacji, tak więc np. zamiast GD=1 otrzymujemy "zawyżoną" wartość GD=3 (lub nawet wyższą). Na ogół dotyczy to pojawiania się pewnych nietypowych (najczęściej homozygotycznych) wyników dla kilku markerów wielokopijnych jednocześnie, najczęściej dla DYS459, DYS464 i CDY. Tak jak w powyższym przypadku, warto taki wynik zawsze skonsultować z jakimś doświadczonym administratorem odpowiedniego projektu.

Pozdrawiam,
Michał
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
Sroczyński_WłodzimierzOffline
Temat postu: [DNA] STR-Y "Genetic Distance"  PostWysłany: 19-04-2019 - 14:02
Zasłużony
Członek PTG


Dołączył: 09-10-2008
Posty: 18060
Skąd: Warszawa
Status: Offline
Na początek techniczna uwaga.
Dyskusja będzie poniżej pierwszego postu, który w miarę wyjaśnień, uzgadniania etc będzie modyfikowany.
Pytania, problemy zgłoszone - gdy doczekają się odpowiedzi w satysfakcjonującej, bezpośredniej formie, a będą miały ogólniejszy charakter - będą, wraz z odpowiedziami, pojawiały się w pierwszym poście.

Exact Match - Distance 0 - pełna zbieżność, a prawdopodobieństwo wspólnego przodka

Moim zdaniem, dla potrzeb genealogii, niezależnie czy badamy dwie lub więcej próbek "własnych" (takich o których coś wiemy), czy jedną "swoją" porównujemy z wynikami już dostępnymi (o których wiemy niewiele)
powinniśmy skupić się na prawdopodobieństwach minimum 95%, ze szczególnym uwzględnieniem szans 99,5% i więcej. Ortodoksyjnie to te 95% to mało i jest mocnym poszerzeniem 99,5%.

99,5%: oznacza, że jeśli mamy 1000 wyników , które na 99,5% odpowiadają hipotezie (to raczej trudne, przykład hipotetyczny) to i tak 5 z nich będzie fałszywie dodatnie (nawet przy takim poziomie ufności wśród tysiąca pięć będzie niespokrewnionych w stopniu wykazanym mimo wyników)
jedna na dwieście..dużo? jakiś margines błędu trzeba zostawić , jeśli chcielibyśmy mieć większą pewność (np co do ilości pokoleń),to musielibyśmy bardzo zwiększyć zakres rozwiązań - tj (przykład ilustracyjny) z 99,5% (co przekłada się na "dla tych dwóch próbek do 20 pokoleń gdzieś wspólny przodek jest") na 99,9% mamy rozwiązania "do 50 pokoleń" co już mało genealogicznie brzmi

95% - wydaje się blisko 99,5%, ale to jednak znaczna odległość w statystyce. Na pewno warto i tę grupę badać (lub dopuścić węższy zbiór rozwiązań) ale, moim zdaniem, "w drugim podejściu". Taka zmiana (obniżenie pewności wyniku) przekłada się często np na "nie do 22 pokoleń, a do 13" - wydaje się, że "małe" na wejściu, a na wyjściu przepaść.

Jak to wygląda dla 95%, jak dla 99,5% dokładnego dopasowania dla 12, 25, 35, 67?*
ile "pokoleń temu" dwie osoby, których próbki porównujemy miały wspólnego męskiego przodka?

Y12 95%(99,5%); Y25 95%(99,5%); Y37 95%(99,5%); Y67 95%(99,5%);Y111 95% (99,5%)
>28?(>40?);12-14?(22-23?);8?(11?);7?(10?); 5?(7?)



i czy dla każdej próbki (dla każdej haplogrupy, dla każdego okresu, środowiska, miejsca etc) będzie tak samo?***
a jeśli nie ma dowodów, że będzie tak samo, to może łagodniej - są mocne przesłanki, że możemy to zrównać lub przynajmniej zrównać przy "podobnym" podzbiorze ? a może różnice na potrzeby genealogii są pomijalne? (np czy "robi nam" że być może potrzeba było 14,58 pokolenia nie 14,22 na daną mutację w danej haplogrupie?


* i tu przydałaby się tabelka pokazująca dokładne dane:) tzn moim zdaniem byłaby potrzebna, albo dwie jedna dla 95%, druga dla 99,5%, szkielet powyżej jest, można dopełniać danymi z obserwacji lub wyliczeń z któregos modelu
** i co to dokładnie znaczy, jeśli jedna próbka jest od osoby urodzonej w 1895, a druga w 2015? tzn gdy możemy zasadnie podejrzewać zdecydowaną różnice w odległościach liczonych generacjami pomiędzy wspólnym przodkiem, a osobą której próbkę badamy

*** ? "tak samo" tzn różnica będzie faktycznie pomijalna

_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
http://genealodzy.pl/index.php?module=M ... 3odzimierz
 
 Zobacz profil autora Wyślij prywatną wiadomość  
Odpowiedz z cytatem Powrót do góry
Wyświetl posty z ostatnich:     
Skocz do:  
Wszystkie czasy w strefie CET (Europa)
Napisz nowy temat   Odpowiedz do tematu
Zobacz poprzedni temat Wersja gotowa do druku Zaloguj się, by sprawdzić wiadomości Zobacz następny temat
Powered by PNphpBB2 © 2003-2006 The PNphpBB Group
Credits
donate.jpg
Serwis Polskiego Towarzystwa Genealogicznego zawiera forum genealogiczne i bazy danych przydatne dla genealogów © 2006-2019 Polskie Towarzystwo Genealogiczne
kontakt:
Strona wygenerowana w czasie 0.061706 sekund(y)