| Autor |
Wiadomość |
Sroczyński_Włodzimierz |
|
Temat postu: [DNA]SNP Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
 Wysłany: 08-04-2019 - 21:11
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
technicznie/redakcyjnie
wątek
https://genealodzy.pl/forum-genealogicz ... 7622.phtml
się rozrósł w różne strony - czasem dość odległe od meritum, a
propozycja z
https://genealodzy.pl/PNphpBB2-viewtopic-t-73797.phtml
nie doczekała się realizacji czy komentarza (może kwestia tytułu)
stąd [DNA] w temacie - potencjalnie do nowego działu
proponuję by tu było miejsce do omówienia problemu
czy zamawiać
jeśli kupić to kiedy (po jakich badaniach)
co zamówić
czym się kierować
jak skorzystać z wiedzy z innych baz (np Yfull)
inne (jakie?)
ewentualnie info o aktualnych promocjach
dla ustalenia uwagi jako pod dyskusję, nie twierdzę że tak należy działać
*Po Ydna STR minimum STR Y-37
*po analizie matchy (choćby pobieżnej), czyli już dostępnych wyników badań SNP zbliżonych (wg STR) próbek na FT DNA
*po przeanalizowaniu wyników np na yfull dla R (w tym R1a i R1b)
https://www.yfull.com/tree/R/
(do R bym się na początku ograniczył.. R1b najszersza oferta, największy problem, ale najwięcej materiału do analizy, można pokusić się dość głęboko wchodzący Pack na podstawie wyników STRów 67? 37?)
* bez potwierdzania "typowanego głównego SNP" (w przypadkach gdy STRy w miarę zbieżne wykazują dość pewny subklad "główny)
* SMP Pack to droga też dla tych, którzy wychodzą poza klasyczne "testy są dla porównania >1 próbek" - czyli trochę w ciemno szansikują, tylko kupując badania jednej próbki
* spora różnica dalszego postępowania w zależności od "głównej haplogrupy" (jak wyżej R1b chyba daje największe możliwości)..zdecydowanie do rozwinięcia temat
*alternatywa - to chyba tylko pełne sekwencjonowanie, ale tu nie mam wyrobionego zdania ("jak musi być duży Y" by zastąpić badanie celowane) i co porównujemy (np czy w ramach tego samego/podobnego budżetu)
*inna sytuacja, gdy mamy się na czym wesprzeć (krewny już coś zrobił i możemy wykorzystać /działamy w grupie), a inna gdy jednostkowe badanie, bez współpracy
Przykład dla R1b
Szkieletowy, szeroki Pack R1b M343M269v2 Backbone SNP Pack za 99USD (zawartość / badane SNP):
z M343 lub M269
M343, L754, L278, P25, P297, M269, L478, PF6404, L23, L51, L11, L151, P310, P311, P312, L21, Z290, DF21, DF25, M222, Z255, Z253, L513, CTS4466, Z195, U152, L2, Z49, Z367, Z192, Z36, Z225, DF19, U106, L48, L47, U198, Z156, Z18, M73, V88, PF6289, L226, L238, DF99, Z8, Z326, A223, FGC4077, FGC4133, FGC8739, S588, DF85, L389, DF27, DF63, DF96, DF49, Z2185, Z16433, ZZ7_1, Z16434, Z16437, DF41, FGC5494, PF7562, S1026, S1051, Z198, Z209, Z2103, Z251, FGC3861, S5982, S5668, S6365, S764, S691, L1065, Z3000, A431, ZZ19_1, ZZ12_1, BY2285, Z34609, FGC20747, FGC20764, L555, DF98, A259, L459, Z4161, CTS12684, Z260, Z245, FGC5780, Z2105, S3058, Z43, PH155, V1636, FGC31923, FGC31929, FGC31939, BY16680, BY16696, BY16690, A15809, BY16692, A15808, BY16698, BY16699, A15807, A11710, A11711, A11712, Y31466, Y31467, Y31468, FGC42003, FGC42006, FGC42011, Z29766, Z29764, Z29758, BY1713, PF6535, Y410, PF6414, L388, CTS9416, PF7575, M12149, PF7566
oraz (w tym samym badaniu) spoza M343 M269:
CTS5330, FGC3861, GG445, GG460, PH2558, M697, PF7559, PF7560, PF7564, PF7568, PF7572, PF7573, PH4238, Z29765, Z29767, Z29782, Z29799, Z29802, Z29784, BY18740
powyższy szkieletowy, wspólny dla M343 i M269, wykraczający nawet poza ww jest raczej szeroki niż głęboki
tzn obejmuje całość (i to też nie do końca, może rozwinięcie będzie dalej) głównych hg, zawiera testy na snipy pozwalające zidentyfikować subklady (podgrupy, "podhaplogrupy") poziom, dwa poziomy, czasem trzy czy cztery poziomy niżej niż "główne" M343, M269)
Zdecydowana większość wyodrębnionych (wg FT DNA) ponad 8300 subkladów z M343 i M269 będzie przebadana - ponadto kilka SNP dookreślających lub niewystępujących w haplotree FamilyTree, a obecna w np Yfull tree
*jak blisko współczesnych czasów, dzisiejszych pokoleń dzięki temu szkieletowemu packowi możemy dojść?
Oczywiście zależy to od tego do jakiego subkladu (podzbioru szerszej hg/ haplogrupy) należy probant, ale wydaje się, że bliżej niż ok 3000 lat / ok 120 pokoleń to będzie mniejszość przypadków. Większość wyników chyba znajdzie się w przedziale "wyodrębniła się ok. 3000-4000 lat temu", choć przecież może się zdarzyć, że zbadanie próbki wykaże obecność Z764 (ok 1500 lat / 60 pokoleń temu); L555; BY16698 lub BY16999 (a wtedy całkiem współcześnie 375-1000 lat czyli 15-40 pokoleń), ale ten pack raczej służy szerokości niż głębokości. Pomimo kilku dziur chyba został zaprojektowany w ten sposób, by niezależnie od subkladu otrzymać "coś", tak by każdy klient z R1b dowiedział się więcej. Sporo więcej, nie bardzo dużo, ale każdy.
Jeśli (np z matchy STRów) wyselekcjonujemy z wysokim prawdopodobieństwem dość głęboki subklad (i odrzucimy inne) - nie ma potrzeby jechać tak szeroko jak tym szkieletowym packiem, można/należy od razu próbować innych rozwiązań.
Do bardziej selektywnej analizy (węziej za to głębiej) przygotowano inne packi.
cdn (może nie monologu?) |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
Ostatnio zmieniony przez Sroczyński_Włodzimierz dnia 09-04-2019 - 16:15, w całości zmieniany 3 razy
|
| |
|
|
|
 |
|
Barbara_Domagała |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 09-04-2019 - 12:20
|
|
Dołączył: 07-02-2013
Posty: 102
Status: Offline
|
|
| Nie wiem, czy jest sens wynajdywać koło od nowa. Na FB jest prężnie działająca, aktywna polska grupa Genealogia Genetyczna. Są też grupy o wysokim poziomie merytorycznym poświęcone konkretnym haplogrupom. PTG widocznie nadal nie uznaje genetyki za istotną gałąź genealogii, więc po co się pchać, gdzie nas nie chcą? |
|
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 09-04-2019 - 12:49
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
ok, a coś poza zakwestionowaniem sensu wątku?
nie będę wchodził w dyskusję nt serwisów typu FB, kto kogo nie chce, jakich nas, czym jest PTG , czy brak nowego działu świadczy o "nie uznaje" czy o marności dotychczasowej zawartości, ew. o odsyłaniu na zewnątrz z serwisu PTG przez członka PTG:)
kontynuując - zapraszam do podzielenia się przemyśleniami, doświadczeniami jak w temacie:
Trzymając się uszczkniętej R1b - szeroki (ale nie tak jak szkieletowy Backbone) kolejny SNP Pack z FT DNA droższy niż poprzedni (tj w typowej cenie 119 USD)
R1b_L51_P312_U106
z subkladów SNP badane:
L51, P310, P311, P312, U106, CTS4528, PF7589, CTS6889, A8055, A8056, A8057, A8058, A8059, A8060, A8053, FGC37100, FGC37082, FGC37097, FGC37115, FGC37112, FGC37107, FGC37093, A8041, A8043, A8045, A8046, A8050, A8040, A8039, S1194, Y16484, Y16485, Y16742, Y16743, A8467, FGC23894, FGC23892, S23564, CTS1195, CTS7354, CTS8326, CTS10694, F4036, CTS7141, S17181, S18017, S23097, S6868, FGC23877, S15363, S24014, A8490, S1211, S1199, S1187, A8500, S1196, A8463, A8471, A8474, A8475, S14328, S11481, A8472, DF100, BY11990, Z2113, CTS5981, FGC24107, A5922, BY11999, BY12000, BY12001, BY12004, BY12007, FGC24158, FGC24138, Y16631, Y16633, Y16634, Y16635, Y16636, Y16632, A605, A607, A610, A611, A614, A626, A636, CTS6192, CTS7416, CTS8679, BY11300, Y23483, Y23488, CTS11824, A613, P15, BY12053, BY12054, BY12055, BY12057, BY12058, A8051, A8052, FGC12521, BY11306, BY11307, BY11782, Y5149
oraz spoza SNP badane:
PF6714, CTS1276, A8530, BY11998, PH1203, M10071, PF1806, Z3512, Z29844, Z29843, Z29841, Z29840, Z29839, Z29838, S8933, S819, S6863, PF7590, S1186, S1192, S1195, S1197, F1200, FGC31995, SK1562, FGC38687, CTS2484, CTS5940, Y5141, Y5142, Y5144, Y5145, Y5146, Y5150, E207
(nie wiem dlaczego np CTS5940 Ft DNA podaje jako jeden z "Includes the following SNPs that are NOT on the haplotree:" skoro to CTS5940 sub L51>PF7589>Y5149)
większość z ww listy SNPów "IN" dała nazwę subkladom wg FT, ale są wyjątki - te możemy znaleźć jako nazwy już wyodrębnionych w innych bazach (wspomniane YFull) lub współtowarzyszące SNP w subkladach o innych nazwach
np (do sprawdzenia)
P311->L52/
https://www.yfull.com/tree/R-L52/
A8056, A8057, A8058, A8059, A8060->A8062
https://www.yfull.com/tree/R-A8062/
FGC37082, FGC37097, FGC37115, FGC37112, FGC37107, FGC37093->A8051
https://www.yfull.com/tree/R-A8051/
A8050->A11379
https://www.yfull.com/tree/R-A11379/
Y16484, Y16485, Y16742->Y16483
https://www.yfull.com/tree/R-Y16483/
FGC23892->FGC23892
https://www.yfull.com/tree/R-FGC23892/
CTS7354, CTS8326, CTS10694->CTS7354
https://www.yfull.com/tree/R-CTS7354/
S17181, S18017, S23097->CTS7141
https://www.yfull.com/tree/R-CTS7141/
FGC23877->S6868
https://www.yfull.com/tree/R-S6868/
S24014->S24014
https://www.yfull.com/tree/R-S24014/
S1199, S1187, A8500->S1199
https://www.yfull.com/tree/R-S1199/
DF100->S1200
https://www.yfull.com/tree/R-S1200/
Z2113, CTS5981->Z2118
https://www.yfull.com/tree/R-Z2118/
BY12000, BY12001, BY12004, BY12007->BY12018
https://www.yfull.com/tree/R-BY12018/
Y16633, Y16634, Y16635, Y16636->Y16630/
https://www.yfull.com/tree/R-Y16630/
A626, A636->A626
https://www.yfull.com/tree/R-A626/
CTS6192, CTS7416, CTS8679, Y23483, Y23488->Y23199
https://www.yfull.com/tree/R-Y23199/
A613->PF7592
https://www.yfull.com/tree/R-PF7592/
P15, BY12053, BY12054, BY12057, BY12058->BY12063
https://www.yfull.com/tree/R-BY12063/
A8051, A8052->A8051
https://www.yfull.com/tree/R-A8051/
FGC12521->FGC12521
https://www.yfull.com/tree/R-FGC12521/
BY11307, BY11782->PF7590
https://www.yfull.com/tree/R-PF7590/
Przykładowe różnice w głębokości (badaniu młodszych, mniej odległych od dziś mutacji) pomiędzy powyższymi dwoma packami
((BakcBone v.2) L51, P312, U106 SNP Pack)
((M173, M343, L754, L389, P297, R-M269, L23, L51), PF7589, CTS6889, S1141, FGC24138, FGC24158, FGC24107/A5922/BY11999
czyli w L51_P312_U106 dodatkowo sekwencja
PF7589, CTS6889, S1141, FGC24138, FGC24158, + subklady {FGC24107;A5922;BY11999}.. 6 poziomów więcej, 6 poziom bliżej dzisiejszego dnia potwierdzenia/wykluczenia zbieżności, to może byc tylko ok. 500 lat "przed dziś"x
Podsumowując: mniej (wydaje się, że ok. 5%) subkladów z R1b M343M269v2 Backbone SNP Pack jest badane, ale te co są - badane są głębiej/niżej do młodszych subkladów.
vs
Pack P312
P312, L21, Z290, DF21, M222, Z255, Z253, L513, CTS4466, Z195, U152, L2, Z49, Z367, Z192, Z36, Z225, DF19, CTS11567, L226, L719, L238, DF99, DF63, DF49, Z2185, DF41, DF83, DF88, L881, Y5058, Z198, Z209, Z251, Z2542, Z2573, Z302, BY653, S5668, L1065, Z3000, ZZ12_1, FGC20747, Z246, BY3447, BY3448, BY3449, BY3451, BY3452, A1228, A578, A6289, A6290, A6292, CTS11638, CTS12966, FGC11833, FGC11844, FGC16982, FGC23851, FGC847, L1199, L1200, L459, Z8193, Z8192, Z4161, Z38442, Z38434, Z35691, Z35675, Z35647, Z35646, Z34614, S1388, S16136, S17075, S22352, S23780, S27900, S4268, S4274, S4281, S8137, Y10824, Y10829, Y10831, Y11660, Y11661, Y11662, Y11663, Y11665, Z17093, Z17112, Z17118, Z17119, Z17121, Z17122, Z17123, Z17126, Z17155, Z17156, Z17262, Z17267, Y14656, CTS12684, Z34141, Z31282, Z30600, Z30493, Z30487, Z29645, Z29064, Z29047, Z29041, Z29034, Z28569, Z27998, Z21079, Z21080, Z21081, Z21082, Z21084, Z21133, Z21134, Z21271, Z21279, Z27257, Z245, Z2245, Z2246, Z2247, Z2248, Z21729, Z21380, S3058, Z17323, Z21280, Z39205, Z39228, Z39292, Z43, Z39380, Z39458, Z30474, Z30475, Z30476, Z28019, A8150, A9063, BY3516, FGC16979, S10067, Z17274
plus SNP spoza subkladu P312, a wchodzące w skład Packa
F2691, CTS10429, Z2552, Z36400, Z36294, PF4581
i rozpiska jak poprzednio - snipy, które można odnaleźć w innych subkladach, niż te o ich nazwach, lub tylko poza hoplodrzewkiem prezentowym przez FT DNA
Z2542->DF13
https://www.yfull.com/tree/R-DF13/
BY3449->BY3449
https://www.yfull.com/tree/R-BY3449/
A6290->?
CTS12966->Z302
https://www.yfull.com/tree/R-Z302/
FGC23851->Y10824
https://www.yfull.com/tree/R-Y10824/
L1199->?
L459->L21
https://www.yfull.com/tree/R-L21/
Z8192, Z4161->DF19
https://www.yfull.com/tree/R-DF19/
S23780, S4274->DF88
https://www.yfull.com/tree/R-DF88/
S4268->S4268
https://www.yfull.com/tree/R-S4268/
Y10824, Y10829, Y10831, Y11661 ->Y10824
https://www.yfull.com/tree/R-Y10824/
Y11660, Y11665->CTS11638
https://www.yfull.com/tree/R-CTS11638/
Z17112->Y6237
https://www.yfull.com/tree/R-Y6237/
Z17262->?
CTS12684->P312
https://www.yfull.com/tree/R-P312/
Z34141->?
Z245->S461
https://www.yfull.com/tree/R-S461/
Z2246->L238
https://www.yfull.com/tree/R-L238/
Z2248->Z2245
https://www.yfull.com/tree/R-Z2245/
Z39205-?
..............
CDN
x "dziś" ustandaryzowano jako A.D. 1950 (m.in. z uwagi na datowanie izotopem C14 i okres próbnych wybuchów jądrowych , w tym atmosferycznych) |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 20-04-2019 - 17:33
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
|
|
|
|
|
awdochin |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 22-04-2019 - 09:14
|
|
Dołączył: 06-12-2015
Posty: 89
Status: Offline
|
|
SNP Packi ? Nie warto. Spóźnił się Pan z tym tematem, tak lekko licząc z 5 lat. Nawet nie jestem pewny czy warto dziś zamawiać - BigY / Y Elite . Ze względów ekonomicznych.
Warto poczekać na oferty sekwencjonowania pełnego genomu w akceptowalnej cenie. Dziś to ponad $3000 w renomowanym laboratorium. Ten rynek tak mocno pędzi, że już jest oferta za 550 EUR, ale nie znam opinii o tym laboratorium. Za dwa-trzy lata to będzie już norma. Kto będzie pamiętał o SNP Packach ?
No chyba że ktoś się śpieszy, to może dziś wydać ponad 250 dolarów za 37 markerów + SNP Pack, aby dowiedzieć się jaką mutację Y-DNA miał *pra 2-3 tysiące lat temu.
Pozdrawiam
Lesław |
|
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 22-04-2019 - 11:13
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
Być może się spóźniłem o lekko licząc 5 lat, ale wykonać pełne sekwencjonowanie swojego DNA i udostępnić te dane, powiązane z konkretną osobą,nawet za darmo...
...to być może jest obciążenie potomków na 2-3 tysiące lat wprzód konsekwencjami takich działań
lekko pisząc "być może"
więc nie będę tego rozważał jako alternatywę  Choć wierzę, że w pewnych przypadkach będzie to możliwe to 1USD lub w pakiecie z kontem na FB-pro i czipem:)
inny segment rynku, nie porównywałbym
inne zastosowania, zagrożenia, koszty..w konsekwencji inne narzędzia
Na pewno warto zawęzić kwestię szukania alternatywy, tylko pytanie do czego i jak porównywać
budżet jako kryterium? (to pewnie decydujące w większości przypadków) na pewno
bezpieczeństwem? (to kryterium jak i przy wielu innych tez pewnie będzie rozważane gdy dawno po ptakach i mleko się rozleje)
potencjalnymi efektami?
bliżej 300usd niż 250 i to uwzględniając promocje  (cały czas trzymam się pomysłu, że budżet dla wielu osób jest dość istotny)
a czy 2-3 tysiące lat "temu"
to akurat warto pogłębić
co przy BigY /Elite (ok 500 USD?) w porównaniu z SNP Pack otrzymujemy - tj jak wyniki, które otrzymamy przekładają się na możliwość separacji danej linii - jak można datować (w czasie, w ilości pokoleń) wyodrębnienie
czy to 2-3 tysiące lat od dziś?
nie sądzę..znacznie mniej zdaje się niż 2-3 tysiące lat nawet w przypadku SNP Packów
a to ma znaczenie b. duże czy 500-700-900 czy 2000 lat
wydatek 450-500 USD -> ...
wydatek 220-270 USD -> ... |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
| |
|
|
|
|
|
awdochin |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 22-04-2019 - 12:08
|
|
Dołączył: 06-12-2015
Posty: 89
Status: Offline
|
|
|
Cytat:
Być może się spóźniłem o lekko licząc 5 lat, ale wykonać pełne sekwencjonowanie swojego DNA i udostępnić te dane, powiązane z konkretną osobą,nawet za darmo... ...to być może jest obciążenie potomków na 2-3 tysiące lat wprzód konsekwencjami takich działań lekko pisząc "być może"
Nie uciekniemy od tego. Za 10 lat (strzelam) - sekwensery DNA będą w każdej liczącej się przychodni lekarskiej. Jak się przed tym bronić ? Obawiam się, że szybciej technologia zaleje nasz rynek, niż wyszkoli się duża grupa specjalistów która będzie potrafiła analizować DNA i korzystać z tego pod względem medycznym w każdym powiecie. Czy obciążymy potomków ? A może także damy im wiedzę na temat co im przekazaliśmy (nie koniecznie dobrego) i jak mogą sobie z tym poradzić, jeśli wyniknie problem z tego powodu.
Cytat:
a czy 2-3 tysiące lat "temu" to akurat warto pogłębić
co przy BigY /Elite (ok 500 USD?) w porównaniu z SNP Pack otrzymujemy - tj jak wyniki, które otrzymamy przekładają się na możliwość separacji danej linii - jak można datować (w czasie, w ilości pokoleń) wyodrębnienie
czy to 2-3 tysiące lat od dziś?
Ja zrobiłem Biga 3 lata temu i siedzę na gałęzi (według YFULL: formed 4600 ybp, TMRCA 3500 ybp), która nawet nie drgnie przez tyle lat od wykonania testu. Wszystko zależy od naszej haplogrupy. Zdaję sobie sprawę że będąc R1a można zejść nawet wczesnego średniowiecza zamawiając SNP Pack, ale pisząc 2-3 tys lat - mocno uśredniałem znając wyniki innych osób zainteresowanych genealogią. Przeważnie wszyscy kończą poszukiwania na znalezieniu mutacji Y - datowanej na czasy przed naszą erą.
Cytat:
wydatek 220-270 USD -> ...
Problem w tym, że ten wydatek nie jest jednorazowy dla dociekliwych. Kolejny nowa rozpoznana mutacja pod naszą, kolejne zamówienie badania. $39 za pojednczy SNP w FTDNA ? lub taniej w YSEQ po $18
Pełny genom - zamówimy raz i po sprawie. Ewentualnie będziemy płacić zewnętrznym firmom za analizę, jeśli sami tego nie będziemy chcieli robić. |
|
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 22-04-2019 - 12:19
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
nie mam nic przeciwko wiedzy dla potomków
nie jest to jednak w ścisłym związku z dostępem każdego do danych ich dotyczących
uważam, że przed wieloma rzeczami można się w miarę skutecznie chronić, a możliwości jakie daje technologia wykorzystywać selektywnie
dokładność gpsowych, rozdzielczości optyczne, przepustowości jakie są od lat nie oznaczają, że nie mogę uciec od tego, żeby każdy wiedział co do decymetra gdzie jestem i co widzę
dlatego m.in. pełny genom nie jest na celowniku moich tu porównań
ale reszta Twojego postu b. interesująca
dzięki bigowi (wtedy inna cena) w porównaniu z odpowiednim packiem dużo zawęziłeś? bliżej o ile jesteś?
wydaje się, że przy R1b dzięki bigY lub packom można najbliżej, nie przy R1a
ale to może ustalimy:) jak i parę innych rzeczy |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
| |
|
|
|
|
|
awdochin |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 22-04-2019 - 12:46
|
|
Dołączył: 06-12-2015
Posty: 89
Status: Offline
|
|
|
Cytat:
dzięki bigowi (wtedy inna cena) w porównaniu z odpowiednim packiem dużo zawęziłeś? bliżej o ile jesteś?
o ponad 20 tys. lat
Y-111 wskazał G-M201 (datowana ok. 25 tys.lat), BigY - G-CTS4803 (uśredniając ok. 3 tys lat). I na tym koniec. Ale to nie zasługa BigY. Mogłem to odkryć też SNP-Packiem. BigY był bardziej wkładem "cegiełki" do analizy i rozrostu tej gałęzi Y, która jest stosunkowo rzadka.
Jestem w miarę na bieżąco z nowościami z tej grupy. Jednak abym ruszył się z tej mutacji, musi pojawić się przebadana osoba (z BigY / YElite), która dzieli ze mną przynajmniej jedną z pięciu mutacji pod G-CTS4803 (opisanych roboczo jako: Z40428, Z40429, Z40430, Z40431, Z40432) |
|
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
Wysłany: 22-04-2019 - 14:43
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
OK, tzn w tym akurat przypadku lepszym wyborem na minione 5 lat byłby mniejszy test plus ew. pack
ale ale..to zdaje się, że dobra okazja ( i mniej spóźniona:) do nowego wątku o aDNA, tj o wynikach badań kopalnych |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
| |
|
|
|
|
|
|
|
Temat postu: Re: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternat
Wysłany: 22-04-2019 - 16:57
|
|
Dołączył: 27-10-2009
Posty: 183
Skąd: Warszawa
|
|
|
awdochin napisał:
Ale to nie zasługa BigY. Mogłem to odkryć też SNP-Packiem.
Jednak wtedy nie wiedziałbyś, że nie masz żadnych młodszych mutacji wykrytych w innych liniach/subkladach poniżej G-CTS4803, czyli nie wiedziałbyś, że tworzysz na razie rzeczywiście samotną linię w ramach tej stosunkowo starej gałęzi.
awdochin napisał:
BigY był bardziej wkładem "cegiełki" do analizy i rozrostu tej gałęzi Y, która jest stosunkowo rzadka.
I chwała Ci za to. W końcu to dzięki takim ludziom jak Ty, drzewo Y-DNA tak gwałtownie się rozrasta, a osoby gorzej usytuowane finansowo, czy też może tylko bardziej oszczędne/ostrożne (niepotrzebne skreślić) korzystają na tym testując potem tylko wybrane nowo odkryte mutacje (lub zestawy takich mutacji).
awdochin napisał:
Jednak abym ruszył się z tej mutacji, musi pojawić się przebadana osoba (z BigY / YElite), która dzieli ze mną przynajmniej jedną z pięciu mutacji pod G-CTS4803 (opisanych roboczo jako: Z40428, Z40429, Z40430, Z40431, Z40432)
Powinieneś mieć co najmniej kilkanaście "prywatnych" mutacji poniżej G-CTS4803, więc te mutacje wspólne z przyszłym "krewniakiem" nie muszą koniecznie obejmować żadnej mutacji z powyższej piątki.
Tak przeglądam sobie teraz drzewo haplogrupy G na YFull, i widzę, że czasami nawet przedstawiciele tej niezbyt częstej w Polsce haplogrupy mają szansę znaleźć znacznie bliższych krewniaków niż niejedni przedstawiciele dużo częstszych u nas haplogrup R1a, R1b czy I. Weźmy na przykład polską linię z gałązki wskazującej na związek z ludami stepowymi (Tatarami?):
https://www.yfull.com/tree/G-L1324/
albo na linię związaną przypuszczalnie z aszkenazyjskim pochodzeniem:
https://www.yfull.com/tree/G-Y12975/
Dużo gorzej wygląda to rzeczywiści w przypadku linii związanych z europejskimi pozostałościami po pierwszych neolitycznych rolnikach przybyłych z Anatolii, ale widzę, że nawet wtedy nie wszyscy mają takiego "pecha" jak Ty. Na pocieszenie dodam, że znam osoby niezbyt zadowolone z tego, że należą do jakiejś typowej i bardzo częstej wśród Polaków linii i woleliby się pewnie znaleźć w Twojej "wyjątkowej" sytuacji ;)
Nie wiem czy wiesz, ale podobno Twoja haplogrupa G2a (G-P15) była drugą co do częstości (po dominującej haplogrupie I) wśród zbadanych do tej pory przedstawicieli przedsłowiańskiej kultury wielbarskiej z terenu Wielkopolski i Płd-Wsch Polski (Masłomęcz). |
|
|
| |
|
|
|
|
|
|
|
Temat postu: Re: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternat
Wysłany: 23-04-2019 - 08:39
|
|
Dołączył: 27-10-2009
Posty: 183
Skąd: Warszawa
|
|
Podobnie jak Lesław (awdochin) uważam, że "SNP packi" z FTDNA to zasadniczo przeżytek, ale z drugiej strony dla osób, które uważają, że nie będzie ich nigdy stać na test w rodzaju Big Y, jest to często jedyna możliwość, żeby dowiedzieć się nieco więcej o dalekich przodkach swojej męskiej linii (tzn. tych żyjących w tzw. "przedgenealogicznych ramach czasowych"). Problem w tym, że ludzie często wyrzucają pieniądze na SNP packi, gdy na podstawie wyników STR można dość precyzyjnie przewidzieć całkiem konkretny subklad, do którego należą (co można potem potwierdzić testując jedną lub ewentualnie dwie mutacje SNP, a więc wychodzi taniej niż kupując cały zestaw).
Sam miałem niedawno taki przypadek w rodzinie, gdy testowałem kolejną linię należącą do moich przodków. W najbliższym czasie nie będę mógł się niestety wykosztować na kolejny test Big Y, więc choć po przetestowaniu 37 markerów STR nie miałem żadnych "matchów" na 25 i 37 markerach, zrobiłem sobie zgrubną analizę, z której wynikało, że jest to najprawdopodobniej tzw. "polski" subklad R-Z17913 głęboko poniżej R1b-U106, więc zamiast zamawiać dwa "SNP Packi" dla haplorupy R1b (najpierw "backbone", a potem ewentualnie R1b-L47) zamówiłem od razu Z17913, i strzał okazał się trafny (dzięki czemu zaoszczędziłem kilkadziesiąt dolarów). Dodam może, że żaden z dostępnych w FTDNA "SNP packów" nie testuje mutacji poniżej Z17913.
Z doświadczenia wiem, że podobnych sytuacji jest też mnóstwo w przypadku najczęstszej w Polsce haplogrupy R1a. Osoby mało zorientowane w temacie albo strzegące przesadnie swojej anonimowości nie przyłączają się się na ogół do odpowiedniego regionalnego czy haplogrupowego projektu FTDNA i wydają czasem pieniądze na zupełnie zbędne testy, często niestety zalecane "rutynowo" przez FTDNA. |
|
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: Re: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternat
Wysłany: 23-04-2019 - 11:44
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
rozumiem więc, że powyższy przykład na analizę (nawet przy braku dopasowań na 25 i 37) świadczy o tym, że można z sukcesem potwierdzać hipotezy przy popularnych subkladach - taniej (ale większe ryzyko)
czyli alternatywą dla packów przy R1b i przesłankach (nawet przy braku matchy) o konkretnym krańcowym SNP/subkladzie jest (oprócz bigY ) zamówienie testu na wybrany typowany pojedynczy SNP po STR37 |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
| |
|
|
|
|
|
|
|
Temat postu: Re: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternat
Wysłany: 23-04-2019 - 14:11
|
|
Dołączył: 27-10-2009
Posty: 183
Skąd: Warszawa
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz napisał:
rozumiem więc, że powyższy przykład na analizę (nawet przy braku dopasowań na 25 i 37) świadczy o tym, że można z sukcesem potwierdzać hipotezy przy popularnych subkladach - taniej (ale większe ryzyko)
Tak, tylko przypomnę, że częste też są oczywiście przypadki, kiedy to ryzyko niepowodzenia przy testowaniu pojedynczych mutacji jest na tyle duże, że zdecydowanie bardziej opłaca się zamówić SNP pack. Tak więc wszystko zależy od konkretnego przypadku.
Jeszcze inna sytuacja to taka, w której opłaca się najpierw zamówić pojedynczą mutację, żeby potwierdzić jakąś konkretną dużą gałąź w ramach danej haplogrupy (dla której to gałęzi dostępny jest osobny SNP pack), a potem zamówić już tylko ten bardzo specyficzny SNP pack (oszczędzając w ten sposób na teście typu "backbone"). Tylko oczywiście trzeba mieć wpierw dość mocne przesłanki, sugerujące przynależność do tej konkretnej dużej gałęzi, przy czym rodzaj tych przesłanek znów zależy od konkretnego przypadku i czasami zdarza się, że żadnymi takimi mocnymi przesłankami nie dysponujemy.
Sroczyński_Włodzimierz napisał:
czyli alternatywą dla packów przy R1b i przesłankach (nawet przy braku matchy) o konkretnym krańcowym SNP/subkladzie jest (oprócz bigY ) zamówienie testu na wybrany typowany pojedynczy SNP po STR37
Czasami mogą to być dwie mutacje (przy trzech już się tak bardzo nie opłaca, chyba że porównujemy to do zamawiania aż dwóch SNP packów, tzn. najpierw backbone, a potem ten bardziej konkretny). Przykładowo, krótkie 37-markerowe haplotypy STR należące do subkladu R-Z17913 prawie się nie różnią od większości haplotypów należących do innych linii/subkladów w obrębie tego samego rodzicielskiego kladu R-FGC17304. Ponieważ subklad R-Z17913 wydaje się być związany specyficznie z Polską, a pozostałe bratnie subklady/linie występują głównie w Europie Zachodniej, to Polakowi z takim charakterystycznym haplotypem zalecałbym zamówienie najpierw Z17913, a dopiero w przypadku otrzymania wyniku negatywnego zamówienie "rodzicielskiej"/starszej mutacji FGC17304, natomiast osobie o korzeniach zachodnioeuropejskich radziłbym zamówienie najpierw FGC17304. |
|
|
| |
|
|
|
|
|
Sroczyński_Włodzimierz |
|
|
Temat postu: Re: [DNA]SNM Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternat
Wysłany: 23-04-2019 - 17:47
|
|
Dołączył: 09-10-2008
Posty: 33624
Skąd: Warszawa
Status: Offline
|
|
"Tak, tylko przypomnę, że częste też są oczywiście przypadki, kiedy to ryzyko niepowodzenia przy testowaniu pojedynczych mutacji jest na tyle duże, że zdecydowanie bardziej opłaca się zamówić SNP pack. Tak więc wszystko zależy od konkretnego przypadku."
no tu nie ma wątpliwości, że to oczywiste
mniej oczywiste jak odróżnić sytuacje "są wskazania na konkretny, nawet głęboki znacznik" od tych "nie widać czegoś co wskazywałoby ze sporą szansą"
co opisujesz dalej - przy rozważaniu innego dylematu
"Czasami mogą to być dwie mutacje (przy trzech już się tak bardzo nie opłaca, chyba że porównujemy to do zamawiania aż dwóch SNP packów, tzn. najpierw backbone, a potem ten bardziej konkretny). Przykładowo, krótkie 37-markerowe haplotypy STR należące do subkladu R-Z17913 prawie się nie różnią od większości haplotypów należących do innych linii/subkladów w obrębie tego samego rodzicielskiego kladu R-FGC17304. "
jak rozumiem można to sprowadzić do słów
"w przypadku zgodności [jakiego stopnia?] na ygrekowych próbach STR-37 z próbkami [dostępnymi w...?], które wykazały przynależność do FGC17304, można sensownie działać - przy roboczym założeniu "Polska" w kierunku głębszego Z17913, w innych - szerzej (wyżej, starszego) FGC17304"
To specyficzne (tak głęboko i podział/poziom uszczegółowienia) ale analogiczne będą w innych przypadkach.
Może jednak uogólnienie:
poziom zgodności (liczba wyników? częstość? rozrzut?) STRowych 37 na dalsze postępowanie
0 lub 1 mismatch i kilka (?), zdecydowanie skoncentrowanych wyników w "odległości" 0-1 bigY/głębokich -> SNP lub PACK zawierający krańcowy SNP tych identycznych lub zbliżonych STRów
2?
3?
0 na STR-25? 1 na STR-25? decydujące /wystarczająco znaczące?
na 12? jest sens się tym kierować (poza "oczywistymi" typu pełna zgodność wielu głębokich 12 jednego typu i brak innych od tych wielu oddalonych na snipowym drzewie? na 12? |
_________________
Bez PW. Korespondencja poprzez maila:
https://genealodzy.pl/index.php?module= ... 3odzimierz
|
| |
|
|
|
|
|
|
|
FAQ
Regulamin
Szukaj
Rejestracja
Zaloguj się, by sprawdzić wiadomości
Zaloguj
